粗粒化分子动力学
支持粗粒化原子模型和珠簧模型,用于执行与分析软物质多粒子模拟。
ESPResSo
用于软物质研究的可扩展分子动力学模拟ESPResSo 是用于执行和分析科学分子动力学多粒子模拟的软件包,面向粗粒化原子模型和珠簧模型。它可模拟聚合物、液晶、胶体、聚电解质、铁磁流体以及 DNA、脂质膜等生物系统,并支持通过 Python 脚本控制并行模拟流程。
软件以开源、并行和可扩展为基础,结合多种粒子模型、流体动力学求解器与 Python 接口,支持从桌面计算机到超级计算机的模拟工作流。
支持粗粒化原子模型和珠簧模型,用于执行与分析软物质多粒子模拟。
可用于聚合物、液晶、胶体、聚电解质、铁磁流体以及 DNA 和脂质膜等生物系统。
提供耗散粒子动力学(DPD)和晶格玻尔兹曼求解器,并支持粒子与 LB 流体的多种耦合。
通过 Python 控制并行代码,为模拟设置、运行和研究新算法提供灵活接口。
可部署于桌面计算机、计算集群和拥有数百个 CPU 的超级计算机,部分模块支持 GPU 加速。
这里汇总 ESPResSo 的版本发布、配套工具更新和公开教学活动,便于了解项目维护进展与学习机会。
该版本修复了 ESPResSo 5.0 系列中的若干问题,页面建议将其用于生产模拟;5.0.0 与 5.0.1 之间的接口保持不变。
活动主题为软物质和多孔材料中的动力学,将涵盖聚合物动力学、流变学、活性细菌、蒙特卡洛化学反应、晶格玻尔兹曼流体动力学以及多相和反应性模拟。
pyMBE 1.0.0 是用于在 ESPResSo 中构建和管理聚电解质、肽、蛋白质及水凝胶粗粒化模型的开源 Python 软件包更新。
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